La paroisse de Saint-Jean, fondée en 1679, a une part de ses racines dans la mer. Et si les activités maritimes ont joué un rôle important dans le quotidien des habitants de toute l'Île, à Saint-Jean, ce rôle fut déterminant. Car bien que la vocation agricole s'y développa en priorité, ce fut aussi le lieu d'installation des pilotes du Saint-Laurent, qui accueillaient et guidaient tout navire approchant de Québec par le chenal de navigation.
Pendant près de trois siècles, l'Association des pilotes compta une forte proportion de ses membres parmi ceux de Saint-Jean. Le cimetière marin en témoigne encore, lui dont le muret est presque léché par les vagues, à marée haute. Il s'étend devant l'église de 1734, classée monument historique en raison de la qualité de son architecture, sans doute la plus remarquable de l'Île.
Mais à Saint-Jean, tout ne se résume pas au cœur du village; admirez l'alignement des coquettes maisons de pilotes, visitez les nombreux ateliers et galeries d'artistes, pour arriver enfin au joyau patrimonial de l'Île : le manoir Mauvide-Genest. Sauvé « in extremis » en 1999 et restauré à grands frais, celui-ci qui est le plus ancien parmi les manoirs encore debout au Québec, est aujourd'hui un lieu d'interprétation du système seigneurial sous le Régime français.